Obiekty przyrodnicze
Na terenie gminy zlokalizowany jest fragment Suchedniowsko-Oblęgorskiego Parku Krajobrazowego. Park ten jest częścią Zespołu Parków Krajobrazowych Gór Świętokrzyskich. Suchedniowsko-Oblęgorski Park Krajobrazowy zajmuje północną część gminy i rozciąga się na powierzchni 5 375 ha, co stanowi około 43 % terenu gminy. Centralne i południowe obszary gminy należą do otuliny Suchedniowsko-Oblęgorskiego Parku Krajobrazowego o powierzchni 5 387 ha to jest około 43 % powierzchni gminy. Łącznie obydwa obszary zajmują 10 762 ha, co stanowi około 86% powierzchni gminy. Jedynie południowo-wschodni obszar gminy to tereny należące do Podkieleckiego Obszaru Chronionego Krajobrazu.
Oprócz tego na terenie gminy znajduje się szereg obiektów ochrony przyrody:
- Rezerwat przyrody nieożywionej Barcza zlokalizowany w Zagnańsku. Na terenie rezerwatu występują odsłonięcia skał dolnodewońskich. Powierzchnia rezerwatu liczy 14,68 ha.
- Rezerwat przyrody ożywionej w dolinie rzeki Krasnej zlokalizowany w północnej części gminy, utworzony w 2003 roku.
- Rezerwat Archeologiczno-Geologiczny „Góra Grodowa” w miejscowości Tumlin stanowiący relikt pogańskiego ośrodka kulturowego, zlokalizowany na pograniczu gmin: Zagnańsk i Miedziana Góra.
- Pomnik przyrody ożywionej – dąb „Bartek” rosnący w miejscowości Bartków przy szosie Zagnańsk – Samsonów. „Bartek” to najstarsze (około 700 lat) drzewo w województwie i jeden z najstarszych dębów w kraju. Główna atrakcja turystyczna gminy. Dąb „Bartek” stał się symbolem gminy, i jego wizerunek znajduje się w herbie Gminy Zagnańsk.
- Pomnik przyrody ożywionej – aleja składająca się z 50 drzew – 48 klonów, lip, jesionów i grochodrzewów oraz 2 modrzewi polskich. Aleja jest długości 220 metrów i znajduje się w bliskości dębu „Bartek”.
- Pomnik przyrody ożywionej – dąb „Dudek” rosnący na terenie prywatnej posesji w miejscowości Dudków.
- Pomnik przyrody ożywionej – dąb „Daniel” rosnący niedaleko osiedla „Wrzosy” w Zagnańsku.
- Pomnik przyrody ożywionej – jodła pospolita rosnąca na terenie leśnictwa Rybno.
- Pomnik przyrody ożywionej – modrzew europejski zlokalizowany na granicy lasu i pól uprawnych w rejonie wsi Długojów.
- Pomnik przyrody ożywionej – buk zwyczajny rosnący na terenie leśnictwa Rybno.
- Pomnik przyrody ożywionej – dwa modrzewie europejskie rosnące w kompleksie leśnym około 200 metrów na zachód od drogi Samsonów – Szałas.
- Pomnik przyrody ożywionej – dąb rosnący w miejscowości Samsonów Piechotne na terenie posesji prywatnej.
- Pomnik przyrody nieożywionej – geologiczny filar skalny zbudowany z dolomitów środkowego dewonu. Obiekt znajduje się w północnej części nieczynnego kamieniołomu Zachełmie, około 250 metrów na północ od linii kolejowej Kraków – Warszawa i dwa kilometry od stacji Zagnańsk.
- Pomnik przyrody nieożywionej – odsłonięcie geologiczne w okolicy wsi Kajetanów, około 300 metrów na południowy wschód od drogi krajowej nr 7 i pół kilometra od zabudowań.
- Użytek ekologiczny bagienny o powierzchni 1,08 ha w lesie w rejonie wsi Długojów.
Na terenie gminy występują także stanowiska ochronne ssaków: bóbr, nocek duży, nocek rudy, mopek, gacek brunatny i szary oraz ptaków: bocian czarny, jastrząb, jastrząbek, słonka, orzechówka, krogulec, dudek, brodziec samotny, pójdźka, derkacz, bekos krzyk. Z owadów chronionych wystepują: jelonek rogacz, koziorogi, pazie, mieniaki oraz liczne gatunki biegaczy i trzmieli. Z roślin chronionych występują: wawrzynek, wilczełyko, bluszcz pospolity, pełnik europejski, lilia złotogłów, śnieżyczka przebiśnieg, czosnek niedźwiedzi, orlik pospolity, kosaciec syberyjski, tysięcznik centuria oraz różne gatunki widłaków, rosiczek, sasanek, dziewięćsiłów, naparstnic, kokoryczek i storczyków. Z grzybów chronionych można spotkać: smardze, sromotniki, szmaciaka gałęzistego, purchawicę olbrzymią, modrzewnica lekarskiego, podgrzybka pasożytniczego.